《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代李逍遥与赵灵儿相遇的五十年前，那时侯，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙……
事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。
神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。
重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允。
两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败……
光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。
同时，重楼自魔界窥探人间，偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡，心中动念想要帮助景天，于是来到人间，滋扰蜀山，想要帮飞蓬找回佩剑，无意中毁坏了锁妖塔，偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国...