全书对道教与古代科学思想关系为主线，分道教天学思想、道教术数与传统数学思想、道教物理思想、道教外丹黄白术与古代建筑思想以及道教科学思维方法八个专题，凡九章，外加导论，共计十大篇章，勒为一部。从表层的史实还原、深层的意义诠释和整体的系统解读这三个方面下功夫，力求在史料挖掘有新的突破，并在思想凝炼上有所创新。