《大师和玛格丽特》中两个叙事层面交替展开。一个是现实与幻想交融的层面。小说一开始由魔王沃兰德及其随从来到莫斯科考察人心变化引出情节。由于魔王的到来和活动，小说中频频出现魔幻的场景，如剧院里下起了卢布雨，公寓里开起了撒旦舞会，凡人涂上魔油后变成了会飞的女妖……。然而，透过这样的场景，人们看到了真实生活中的种种丑恶现象：品质恶劣的文联主席、贪污受贿的房管主任、贪图钱财的小市民等等。当然，生活中也有美好的人和事。小说中那个无名无姓的大师为人真诚，有才华，孜孜不倦地追求艺术真谛，他因害怕遭迫害而躲进了疯人院。他的女友玛格丽特则要勇敢得多，她不屈不挠地寻觅她的理想，并最终和大师一起获得了他们所期待的和谐的内心、自由的空间和平静的生活，而这也是作者本人所理想的境界。
    另一个是历史与传说交融的层面。小说中描写了罗马帝国的犹太总督彼拉多审判并处死约书亚（小说中，他既是耶稣的化身，又不同于耶稣，他是善的意志的代表）的故事。彼拉多形象具有双重性。作为耶路撒冷的统治者，他残酷暴戾；作为人性未泯的地方官员，他矛盾胆怯。政治上的高压，使他最终还是不很情愿地处死了约书亚。他试图赎罪，试图为自己洗刷罪行，但是他仍未逃脱长达1900年的良心的折磨。小说表明：胆怯是人类最可怕的缺陷。