《水浒后传》同原书一样，故事也是从梁山泊开始。弃官家居的阮小七到梁山泊祭奠宋江等亡灵，被原蔡京爪牙张干办捉拿。阮杀死张干办，携母出逃，路遇开酒店的孙新、顾大嫂……
小说情节由此展开，逐一一带出散居各地的原梁山好汉，因不堪奸臣恶霸的欺压，纷纷再次造反，啸聚登云山、饮马川等地。隐居太湖捕鱼为生的李俊，则和花逢春、乐和等与湖霸、贪官斗争，因大湖地盘不足发展，终效古虬髯客故事，出海谋取王业。不久金兵南侵，陷汴京，掳徽、钦二帝。李应、呼延灼等众英雄遂以报国勤王为己任，加入以李纲、宗泽为首的抗金阵营，抗击金兵，并处死祸国奸臣蔡京、高俅等四凶。后迫于形势，冲破金兵重围，弃寨出海，与李俊会合，立李俊为暹罗国主。

作者介绍：
陈忱（1615～1671？），字遐心，号雁宕山樵，浙江乌程（今湖州市）人，身历明清易代的战乱，抱遗民之痛，绝意仕进，栖身田园，与吴中许多遗民文士优游文酒，曾参加叶桓奏、顾炎武、归庄等名士组成的惊隐诗社。顺治十六年（1659）郑成功、张煌言由海上攻入长江，连陷瓜州、宣城，会师围金陵，抗清的声势大振。陈忱兴奋地写了《拟杜少陵〈收京〉》，诗云：“渤懈风云合，楼船蔽远天。樯移扬子树，旗拂秣陵烟。请将横戈进，羁臣藉草眠。遥瞻双阙外，正与楚烽连。”（《浔溪诗征》卷五）事败后，清廷大兴“通海案”，逮治有响应活动的绅民。陈忱友人魏耕因为曾遮道阻留张煌言，“请人焦湖，以图再举”，被逮就刑。（全祖望《雪窦山人坟版文》，《鲒亭集》卷八）陈忱也为避祸四处藏身，有诗云：“闭门卧风雨，只此远危机。事去不须问，家亡何所依？”（《仲春二十四日四十九岁初度》，《浔溪诗征》卷八）《水浒后传》便是他在这个期间作成的。
除《水浒后传》外，他还作有《续二十一史弹词》，但没有留存下来。他以亡明遗民自居，常有国破家亡的不平与伤感。《水浒后传》第一回中序诗云：“千秋万世恨无极，白发孤灯续旧编。”可见这是他晚年寄寓感慨之作。原书八卷四十回，后蔡元放析为十卷，每卷四回，略作修订，遂为流行之本。